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三十六歲的父親孝明天皇突然去世，他成為日本天皇。次年 1 月 9 日，舉行登位典禮。他採取中國儒家經典《易經》之中的：「聖人南面而聽天下，嚮明而治」的用意，改為年號「明治」，因此被稱為明治天皇。
明治天皇登位的時候，實際政權由德川家的幕府大將軍掌握，天皇只是名義上的元首，完全沒有政治實權，甚至一舉一動亦受到幕府的限制和監視。公元1603年，第一任德川幕府大將軍德川家康以武力統一日本，成立「德川幕府」，在江戶城建立統治日本全國的政權，因此又稱為「江戶幕府」。江戶，即今日的東京。日本天皇以及皇室公卿大臣，仍然居住於京都，除了主持各種祭祀，禮儀之外，最重要的作用，是冊封歷任德川將軍，確認德川家的合法世襲統治地位。從德川家康開府江戶城，到明治天皇登位，德川家一共傳襲了十五任大將軍，經歷了差不多二百六十年。
日本的武士家族憑武力征服全國，建立幕府政權，為甚麼不取代天皇地位，反而容許原有的天皇和皇室，以及天皇的朝廷公卿繼續在京都享受沒有實權的崇高待遇呢？據德川幕府時期一些日本學者解釋，天皇是「天照大神」的後裔，其地位無可取代，所謂「天照大神」，即日本古代神話中的太陽神，因此天皇及皇室的地位無可取代，而天皇及皇室、朝廷的存在，顯示日本是禮樂之邦，百姓通過尊崇天皇和朝廷，得以知曉秩序，服從秩序。後世的天皇和朝廷失去維持天下秩序的德行和能力，需要由武士協助天皇建立秩序，朝廷在武家的庇護下保全日本的禮樂教化，否則將會天下大亂，日本會變成蠻夷之邦。
德川幕府時期，仍然實行在日本已有千年歷史的諸侯分封制度，不過，德川氏擴大了中央權力。德川家康為了鞏固自己的政權，把全日本各地的大約三百個「大名」，亦即俸祿高達一萬石以上的諸侯，按照與德川家的親疏關係，分為三級：第一級是與德川家有親密血緣關係，分封於江戶附近，爵位最高，俸祿最多，稱為「親藩大名」，其中以德川家康三個兒子所建立的尾張藩、紀伊藩、水戶藩最重要，稱為「御三家」，第二級是最早追隨德川家康打天下的家臣，封地離開江戶較遠，稱為「譜代大名」。第三級是關原之戰之後，